北海综合保税区前身为北海出口加工区，于2023年经由国务院批准的国家级的海关特殊监管区，A区和B区组成，两区面积各为1.14平方公里，并于2019年整合优化升级为综合保税区。北海综合保税区是广西首家、北海市唯一的海关特殊监管区，是北海乃至广西对接粤港澳大湾区、连接西南经济腹地、构建南向通道的对外贸易重要平台和外向型经济中心枢纽，依托北海国家高新技术产品全球入境维修/再制造示范区、一般纳税人资格试点、外汇和西部大开发以及广西、北海地区等优惠政策优势，引进项目涵盖电子计算机外部设备制造、光电子器件制造、智能终端显示、计算机打印耗材、复印设备再制造、运动器材制造、粮食加工、高端智能装备制造等产业，投资商来自欧美、日韩、港澳台、广东等国家和地区，主要企业有绩迅科技、建准电子、琛航、铭迈、源发等公司。经过多年的建设，北海综合保税区已形成以加工贸易产业为主导，电子信息、体育器材、机电制造、粮食加工等业务“多点开花”的良好局面，先后获得广西加工贸易产业发展“重点园区”、广西开放型园区“创新进步奖”、自治区级绿色园区等称号。